Program Khusus MAN 1 Surakarta merupakan madrasah unggulan dengan sistem pondok pesantren (Islamic Boarding School) yang telah melahirkan banyak cendekiawan muslim seperti Doktor Tafsir dari Al Azhar Saiful Bahri, Penulis Habiburrohman Al Sirojy, dan pengamat Politik Burhanuddin Muhtadi